请问修药师法门的话，如何拜忏（磕大头）呢？

临济宗寂法

如何磕头，都没有什么关系。也不是一般礼拜不如磕大头。只要是你礼佛的心是什么样的。

你如果同时修《八十八佛忏悔文》那也很好啊。

比如你礼拜八十八佛之后，持诵药师经，再持诵药师佛号（数千遍），药师灌顶真言（108遍以上）。这样也是一个非常好的修行仪轨。