药师法门之实践方法如下：
(一)行布施不乐欲乐，好行惠施，赞叹施者，一切所有悉无贪惜，渐次尚能以头目手足血肉身分施来求者，况余财物。
(二)受持八分斋戒受持八分斋戒，或经一年或复三月，受持学处，以此善根，愿生西方极乐世界无量寿佛所听闻正法，而未定者，……八大菩萨乘空而来示其道路，即于彼界种种杂色众宝华中自然化生。
(三)咒一百八遍于食物、药或水见男子女人有病苦者，应当一心，为彼病人常清净澡漱，或食、或药、或无虫水，咒一百八遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。
(四)供养经典佛像若有净信男子女人，得闻药师琉璃光如来、应、正等觉所有名号，闻已诵持；晨嚼齿木，澡漱清净，以诸香花、烧香、涂香，作众伎乐，供养形像以种种华香、涂香、末香、烧香、华鬘、璎珞、幡盖、伎乐而为供养；以五色彩，作囊盛之；扫洒净处，敷设高座，而用安处。若复有人……，忽得恶梦，见诸恶相，或怪鸟来集，或于住处百怪出现。此人若以众妙资具，恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来者，恶梦恶相，诸不吉祥，皆悉隐没，不能为患。或有水、火、刀、毒……等怖，若能至心忆念彼佛，恭敬供养，一切怖畏皆得解脱。
(五)读经、演说开示、书写经典于此经典，若自书，若教人书，一心受持，听闻其义……。若于此经受持读诵；或复为他演说开示；若自书，若教人书……。复应念彼如来本愿功德，读诵此经，思惟其义，演说开示。随所乐求，一切皆遂，求长寿得长寿，求富饶得富饶，求官位得官位，求男女得男女。
(六)供养法师于彼法师，应修供养，一切所有资身之具，悉皆施与，勿令乏少。如是便蒙诸佛护念，所求愿满，乃至菩提。若有病人，欲脱病苦，当为其人，……应以饮食及余资具，随力所办，供养苾刍僧；昼夜六时，礼拜供养彼世尊药师琉璃光如来，……。可得过度危厄之难，不为诸横恶鬼所持。
(七)造像若有净信善男子善女人等，欲供养彼世尊药师琉璃光如来者，应先造立彼佛形像，敷清净座，而安处之；散种种华，烧种种香，以种种幢幡，庄严其处。若有病人，欲脱病苦，当为其人，……造彼如来形像七躯，一一像前各置七灯，一一灯量大如车轮，乃至四十九日光明不绝……。
(八)燃灯造幡时彼病人亲属、知识，若能为彼归依世尊药师琉璃光如来，请诸众僧转读此经，燃七层之灯，悬五色续命神幡，……彼识还时，如从梦觉，皆自忆知善不善业所得果报。由自证见业果报故，乃至命难，亦不造作诸恶之业。若有病人，欲脱病苦，当为其人，……读诵此经四十九遍；燃四十九灯，造彼如来形像七躯，一一像前各置七灯，一一灯量大如车轮，乃至四十九日光明不绝；造五色彩幡，长四十九折手……。若帝后妃主、……为病所苦，及余厄难，亦应造立五色神幡，燃灯续明，放诸生命，散杂色华，烧众名香，病得除愈，众难解脱。是故我今劝诸有情，燃灯造幡，放生修福，令度苦厄，不遭众难。
(九)放生若有病人，欲脱病苦，当为其人，……应放杂类众生，至四十九。可得过度危厄之难，不为诸横恶鬼所持。是故我今劝诸有情，燃灯造幡，放生修福，令度苦厄，不遭众难。
(十)结五色缕，结十二药叉大将名字若有流布此经，或复受持药师琉璃光如来名号，……诸有愿求悉令满足。或有疾厄求度脱者，亦应读诵此经，以五色缕，结我名字，得如愿已，然后解结。
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